Un punto muy importante es la cubierta que se genera en forma de una gran escalinata de vanos y macizos por donde corre un espejo de agua. Al interior se reinterpretan símbolos religiosos y arquitectónicos, como la cruz latina que se materializa en la planta o un lucernario en la cubierta que permite el paso de luz natural, bañando el interior de la nave sobre el pasillo central. Además, todo el conjunto es coronado con una cruz de 65 metros de altura que funciona como campanario.
La Catedral tendrá capacidad para tres mil fieles en la nave principal, además de dos capillas, una para Bautismo y otra de Penitencia, con capacidad para 100 personas cada una. A los lados del altar mayor se distribuyen tres mil criptas a lo largo de dos espirales ascendentes. Las cuales se disponen dentro del espacio de tal manera que permiten mirar hacia el altar o al jardín exterior a manera de contemplación y reflexión. Otras tres mil 500 se ubican alrededor de la Capilla del Santísimo, la cual se ubica debajo del altar.
El resto del programa se distribuye alrededor del atrio, que actúa como espacio catalizador de la vida pública, haciendo alusión a los claustros coloniales que se desenvolvían alrededor del patio central. El programa del área pastoral se conforma de un auditorio para mil usuarios, doce salones: seis para 100 personas y un mismo número para 50, área de oficinas de la Diócesis y del Obispo y áreas de servicios como cafetería y librería.