El 13 de enero de 1839 pidió permiso al Párroco, José Francisco Contreras, se bendijeron los cimientos, pero la obra se detuvo al morir doña Manuela, sólo se logró la altura de una vara (83.5cm.) y el proyecto quedó abandonado. No fue hasta 1850 que se continuó la construcción, ahora a cargo del pbro. Luis Porto, aunque solo se trabajó por poco tiempo. Fue el canónigo, Pablo de Anda Padilla, quien retomó la obra y el 7 de mayo de 1870, volvió a bendecir la primera piedra, amplió la Iglesia y adaptó lo construido y sin dinero preparó y dispuso el terreno, rebajó el cerro, enrasó los muros y cerró bóvedas. Aunque sin enjarrar los muros y muchos detalles de la construcción, que duró cinco años a su cargo.
Simultáneamente levantó una casa de ejercicios anexa, ya concluido el templo, el obispo José Ma. Diez de Sollano y Dávalos lo bendijo el 12 de julio de 1875, aunque los muros y Bóvedas estaban encaladas y a medio terminar. El 17 y 18 de julio de 1888 una terrible inundación azotó León y el Santuario se convirtió en un refugio temporal para los damnificados, el Padre de Anda recibió a muchísimas personas y les regalo lotes alrededor del templo, lo que hizo crecer esa zona.